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Hola EDUMAN:

¿Como se entera Aduanas (Hacienda) que existe esa factura por los accesorios?

Supongo, que el Astillero te haría una factura por el "precio del barco más mínimos imprescindibles" para que matricularas pagando lo menos posible de IEDMT (Práctica habitual e ilegal).
No existe plazo ni momento (antes o después de la solicitud de matrícula) a partir del cual Hacienda entienda que los accesorios quedan o no sujetos al IEDMT, si Hacienda estima que puede haber fraude de ley, investiga, te pide que aportes documentos etc.
Los empresarios presentan anualmente el modelo 347 en el que comunican las personas a las que han hecho compras o ventas por importe superior a 3000 €. En este caso el Astillero debería haber comunicado el importe total de las ventas que te hizo cada año.
Los movimientos bancarios por importe superior a 3.000 € quedan registrados.

¿Que declaró el vendedor? ¿Cómo se hicieron los pagos? ¿Que puede saber Hacienda?

Por lo que cuentas y sin entrar en calificaciones jurídico-morales o sobre si se trata de un impuesto injusto, parece que "habéis hecho trampas y os han pillao". Por supuesto puedes recurrir, pero ten en cuenta lo que Hacienda ya sabe o puede saber y los gastos que te puede ocasionar la reclamación.

Ten en cuenta que Papa Estado tiene muchos gastos y promesas que cumplir y la economía ha pasado de una “ligera desaceleración” a una “desaceleración profunda” y va camino de un “frenazo de cojones” de modo que la solución la buscan en trincar por donde pueden.

Saludos.