Tatatoa ya lo ha explicado detalladamente, añadiré sólo un par de cosillas:
La prescripcion del IEDMT (Impuesto de Matriculación) se produce a los 4 años de la MATRICULACION del barco (no de su construcción). Entiendo que lo has comprado ya en lista 6ª, y que llevaba 4 años en la misma. Si tuviera bandera extranjera y lo matriculas en 6ª, los 4 años empiezan a contar desde ese momento, independientemente de la edad del barco.
Si vas a dedicarte al charter, imagino que te habras dado de alta en el Epigrafe Fiscal correspondiente. Para mantener la lista 6ª en la transmisión, Capitania te lo exige previamente. Entiendo que en ese caso el vendedor te habrá hecho una factura con el IVA correspondiente (aunque él lo comprara exento).
En cuanto a las salidas de uso privado, dado que son un rendimiento en especie, y para que no tengas problemas por los IVAs deducibles, mejor te las facturas a ti mismo (como persona física) para soportar ese IVA.
Con esas condiciones no creo que debas tener ningún problema fiscal.
