[Iplaco]

Además de lo que ya está dicho, a mí se me ocurre que la flojedad de las baterías podría tener que ver con los diodos separadores que estés utilizando. Si el regulador de carga está atento a la salida del alternador y no a la tensión que reciben las baterías, los 0,7V de caída en los diodos hace que la carga tenga lugar a: 14-0,7= 13,3V, lo que explicaría el hecho de que se te queden siempre un poco a medias.