Cualquier cosa que conectes simultaneamente a las dos baterías (exepto un separador) unirá las dos baterías mientras esté conectado y te jode el invento, puesto que la principal función del interruptor giratorio, es precisamente mantener separadas las baterías.
En el diagrama A es el alternador y la flecha señala donde las baterías unirían sus polos positivos (que son los únicos que separamos, los negativos están permanentemeente unidos)
Para Mantener estas baterías separadas, debes conectar lo que sea despues del interruptor
En este otro croquis, correcto, el alternador está instalado despues del interruptor, y solo carga la batería activa (la que está seleccionada por el interruptor)