Otra posibilidad es la limera del timón. Cuando se navega a motor la popa tiende a "hundirse" más que cuando navegas a vela. Podrías comprobar sí tienes prensa estopas para el eje del timón y comprobar el estado de la estopada.
Otra manera de encontrar la posible entrada de agua, es es cubriendo el fondo de algún polvo (p.e. polvos de talco), de modo que te quedará marcado el camino que sigue el agua.
Buena suerte

