Hola Nano.
Una pequeña precisión, si me permites, y sin acritú

:
Semos tabernarios, no taberneros, que tabernero es el que sirve los tragos y el que tiene reservado el derecho de admisión, el resto somos Tabernarios, esto es, clientes más o menos habituales.
De lo que preguntas,
Echa un vistazo a este hilo:
embarcación sin documentación (http://foro.latabernadelpuerto.com/s...ad.php?t=26363)
Sobre matriculación está bien la web del
Mº de Fomento - Dirección General de la Marina Mercante.
En concreto, la de
Documentación administrativa de embarcaciones,
Abanderamiento - Matrícula - Registro y
Matrícula (descripción y procedimientos para matricular).
Si te suena a chino, consulta a una gestoría náutica. En el foro se expusieron direcciones de gestorías.
Y la gestión creo que no lo puedes hacer en Madrid. En la página de Fomento que te he comentado hay direcciones, pregúntalo.
Bueno, lo anterior para navegación marina.
Si tu pregunta va más para navegación exclusivamente en aguas interiores (léase pantanos o ríos navegables), la cosa depende, al parecer, de confederaciones hidrográficas. No tengo apenas idea de eso, aunque los trámites parecen ser un tanto similares (hay que matricular, certificado de navegabilidad, seguro...)
Sobre ello hay, por lo menos, este hilo que debieras echarle un vistazo:
Matricular vela ligera en el infierno
Puede ser interesante usar el
buscador del foro...
Suerte y

de mi parte...