Hola Polen,
No hay ningún problema.
De hecho desde hace poco el agua de mar se ha puesto muy de moda en algunos restaurantes para la cocción del pescado y (sobretodo) marisco.
No hay que temer por la higiene. Hirviendo el agua, mueren todas las bacterias que pudiera contener (exactamente como con el agua dulce).
El inconveniente que tiene el agua de mar, básicamente y obviamente, es que su contenido en sal (variable según los mares) puede conferir a la comida un sabor demasiado salado. Con lo cual habrá que cortarla con agua dulce si se teme que el plato se vuelva demasiado amargo.
También la sal hace que el agua tarde más en hervir. Otro inconveniente: la sal impide o frena la transmisión de los sabores de los alimentos al agua, con lo cual no es muy recomendable para la preparación de los caldos (es la razón por la cual los caldos siempre se salan al final).
Y, finalmente, esta salinidad hace del agua marina un enemigo de los hipertensos en general, la cantidad de sal en el agua marina siendo más difícil de medir y controlar que con el agua dulce.
