Las titulaciones de Patrón de Yate y Capitán de Yate al estar constituidas por materias independientes, como una carrera universitaria, las puedes afrontar de manera independiente, pudiendo presentarte a examen para una o varias asignaturas, y dejando el resto para futuras convocatorias.
Lo de la caducidad, que yo sepa, es solo computable desde que terminas de aprobar las asignaturas (en su totalidad) hasta que realizas las prácticas obligatorias (ahora son dos: las de seguridad y navegación, y las de radiocomunicaciones) y tramitas el título ante el Organismo donde aprobaste las asignaturas.
Efectivamente, según que Comunidades Autónomas, hay unos sitios más fáciles que otros. Eso lo saben las Escuelas o Academias donde preparan y suelen aconsejarte presentarte en un sitio o en otro, incluso presentarte en un sitio de unas asignaturas y en otro sitio distinto de otras. Esa es otra ventaja de las Escuelas Homologadas.
Saludetes.
