Polen, como dices, si efectivamente se queda sin agua porque aspira la que hay y remite la entrada de agua, lo que hay que hacer es volver a poner la llave/válvula de paso en su posición original de toma de agua de mar. Es importante, en ningún caso que la bomba de refrigeración del motor se quede sin agua pues casca rápido.
Aquí te pongo un link a una web donde puedes ver la llave/válvula de 3 vías (la de 59€ + IVA), no el conector de tres vías que es eso, un simple conector.
http://www.boatwide.es/spanish/bombas%20catalogo.htm
Saludos.