Todo el papeleo lo puedes hacer tu mismo... si dispones de tiempo y paciencia. Mi consejo es que con toda la documentación que tengas de tu barco te dirijas a la Capitanía Marítima y allí te diran la documentación que debes aportar para matricularlo. De todos modos te dejo este enlace:
http://www.fomento.es/MFOM/LANG_CAST...ministrativos/
Saludos