Eso depende ya de cada puerto.
En mi club se pagan los gastos del amarre en función de las medidas de éste (tengas o no tengas un barco en él) pero la lámina de agua se paga en función de las medidas del barco.
En cuanto al tamaño de barco que puedas atracar, se suele decir que hay que contar con 2x25 cm. menos de manga por las defensas. Pero no son muy estrictos al respecto, y mientras no se queje el vecino, se permite que "se salga" un poco.
