Del RAE:
Ponerse en facha:
1. loc. verb. Mar. Parar el curso de una embarcación por medio de las velas, haciéndolas obrar en sentidos contrarios.
Capear:
5. tr. Mar. Disponer las velas de modo que la embarcación ande poco.
6. tr. Mar. Mantenerse sin retroceder más de lo inevitable cuando el viento es duro y contrario.
7. tr. Mar. Sortear el mal tiempo con adecuadas maniobras.
Pairo
pairar.
(Del prov. pairar, soportar, aguantar, tener paciencia).
1. intr. Mar. Dicho de una nave: Estar quieta con las velas tendidas y largas las escotas.
Lo de ponerse al pairo lo veo claro, es largar escotas o arriar velas para quedarse quieto momentáneamente (ser abordado, por ejemplo)
Acuartelar, según el RAE, sería ponerse en facha, no?
Capear yo creo que se refiere casi siempre a acciones con mal tiempo

Edu