Hola Auryn:
para el caso que expones una buena opción es el pabellón Belga, el menos restrictivo de la UE y que es posible obtener para cualquier ciudadano de la comunidad europea, sea o no residente en Bélgica. El coste varía según la edad del barco y si este es nuevo o de segunda mano. Para una barco nuevo el problema es que el iva allí es del 21% (más o menos), y el coste de la matrícula unos 2000 euros. Pero si el barco es de ocasión y con el iva pagado es el coste es mínimo y los trámites en principio muy sencillos. Eso sí, siempre partiendo de que no apareces por nuestras costas porque aquí te pillan y te hacen abanderar (y sobre todo pagar los impuestos) hasta de los calzoncillos... Mírate este enlace (en francés):
http://www.pavillon-belge.com/
De todas forma habría que informarse de si ha habido cambios legislativos en Bélgica en estos últimos tiempos o todo sigue igual que hace unos años.
Un abrazo
Juanma