Cuando los inyectores fallan por pasar agua, el motor falla o se para, pero una vez ha pasado el agua y llega solamente gasoil, vuelve a funcionar. Lo malo del agua es que desregula y destruye la punta del inyector (entre otras cosas).
Si los fallos son eventuales y después se arregla bastante tiempo puede ser el agua, pero si después de funcionar horas se cala de nuevo, creo yo que algo te falla en el sistema de inyección "de vez en cuando" (a veces las válvulas de la bomba inyectora en una determinada posición fallan y en otra no (es el inicio del deterioro).
Por otro lado, un sistema de 1 cilindro es bastante barato de revisar, y tener el inyector que pulverice bien, es garantía de no "lavar" la camisa con gasoil y hacer que el motor dure más.
Si no hay humo, hay buena compresión. Quedan pocas opciones.

