Joerrr, que cuando iba a mandar la respuesta se me a borrado grrrr.
Bueno repito.
Como bien dice Dunic, si desconectas las baterias no deberia funcionar nada del barco, ni luces ni arranque.
Es verdad, que no estropeas nada por conectar más cosas, simplemente que consumes más y baja el voltaje. Pero es desaconsejable poner el motor en marcha con el cargador conectado a tierra, puede haber una sobrecarga, una vez no pasa nada, pero a la larga puede tener consecuencias nefastas para el cargador.
Bien, ahora al "lio".
El problema por el principio y se sigue el hilo.
Todo consumo de 12v. viene de las baterias. Antes de "meter mano" a ese lio de cables (si funciona mejor no tocar, a no ser que quieras cambiar todea la instalación), mira todas las baterias, digo tooodas.
En principio en cada borne, tiene que haber el cable grueso que suministra corriente a todo el barco y otro pegado a el, que es el cargador. Lo que no recuerdo bien es el circuito del alternador de motor
que también las carga.
Si ves algo más, es posible que tengas un "puente". Con paciencia, desconecta y comprueba, conecta y vuelve a comprobar.
Aunque no has dado más datos, es posible que tengas una o dos baterias de servicio y una tercera para el motor, que cuando desconectes solo lo hagas con las primeras y esa tercera siga en funcionamiento, con lo cual tienes la solución al dilema.
En fín esta es una humilde opinión, haber si alguien más experto dice algo.
Un saludon y ánimo con esos "misterios" que tienen casi todos los barcos