Bueno, la cosa me parece que es más complicada de lo que parece...
Primero hagamos distinción entre inteligentes o no. Yo diría mejor entre tontos o no. Los tontos son los típicos cargadores baratos del carrefú. Esos cargadores tienen la propiedad de que aunque las baterías estén a tope, ellos (como son tontos) dale que dale, siguen aportando electricidad, con lo que lo que se consigue es acabar friendo las baterías. Esos cargadores no deberían utilizarse nunca, fuera de un uso ocasional y muy supervisdado.
Los otros, tienen la propiedad de que se enteran de que las baterías están cargadas y, en consecuencia (son muy listos) dejan de machacarlas. A la que hay un consumo eléctrico, se preocupan de aportar este consumo (solo ese), por lo que las baterías ni lo notan.
Y ahora viene el meollo del tema: la respuesta a la pregunta es depende del tipo de esquema eléctrico de que se disponga. Básicamente hay dos sistemas para conectar el cargador a las baterías:
- directamente a ellas. En este caso, al desconectar, el barco se queda sin luz, a menos de que haya un retorno (cosa muy frecuente) de por ejemplo un equipo que esté conectado fuera del desconectador (p. ej. el automático de la bomba de sentina). En ese caso, lo normal es que si desconectamos las baterías tengamos una fuerte caída en la tensión.
- no directamente a las baterías (después del desconectador). Esta conexión es mucho más aconsejable que la anterior, pues tenemos la seguridad de tener las baterías totalmente desconectadas y libres de descargas. Es el sistema de elección para los barcos que estén conectados a pantalán normalmente. En ese caso, con las baterías desconectadas y el cargador en marcha, éste se encarga de suministrar la energía que se le pida (siempre que pueda). No hace falta decir que, si queremos tener el barco libre de voltios, deberemos desconectar también el cargador.

por el rollo, espero no haber liado la madeja...