Yo dale que te pego con mi teoria de la comparativa con el agua, que para eso somos gente de mar...
El alternador no "detecta" el nivel de carga de las baterías, simplemente enchufa los 14 voltios, y cuando las baterias estan cargadas, son ellas las que ya no tragan más.
Imaginate el alternador como un enorme deposito de agua de 14 metros (14 voltios), y la(s) batería(s) como unos pequeños depositos comunicados con ese gran deposito.
1) Cuando el deposito/batería esta bajo de nivel, por ejemplo 12,2 metros (12,2 voltios) habrá un fuerte caudal de llenado (corriente) entre el gran deposito (alternador) y el deposito batería,
2)a medida que el deposito/batería se va llenando , sube su nivel a 12,5...12,7...13 metros y la corriente de llenado va bajando porque cada vez hay menos diferencia de altura (por lo tanto de presión, y en electricidad, diferencia de voltaje) entre el gran deposito y el pequeño.
3)Cuando las alturas del pequeño llege a cerca de los 14 metros ya no habrá practicamente caudal de agua entre los 2 depositos (las baterias estan cargadas y han igualado su tensión con la generada por el alternador).
Si has aguantado hasta aquí, imaginate 2 o 3 pequeños depósitos (2 o 3 baterias) que se llenan del grande (alternador) mediante el mismo tubo, derivado a cada uno de ellos. Cuando el grifo de llenado del gran deposito se cierra (motor parado), los niveles de lso 3 depositos pequeños se igualarían a traves del tubo de llenado. Si uno de ellos tiene fugas, no ha cargado bien, etc... putearía a los otros 2, vaciandolos.
Si colocas unas valvulas de llenado antiretorno a la entrada de cada "bateria", que permitan llenar el deposito, pero no vaciarse por el mismo tubo, evitas el problema.
Un separador de diodos no es más que eso., unos antirretornos de corriente para evitar que a motor parado no se descargen unas baterias sobre otras.
Siento el tocho. Si tengo algo de tiempo lo intento dibujar (lo del agua....)