Causas difíciles de solucionar ya te han apuntado, veamos ahora una fácil.
¿Qué tiempo tiene el motor?, o mejor, ¿cuanto tiempo tienen los macarrones de combustible?. Si presentan grietas en su superficie o no están asegurados con abrazaderas, es posible que a partir de determinada temperatura resulten permeables al aire, que éste penetre dentro del sistema de combustible y te produzca repentinos cambios de régimen. La solución en éste caso es, obviamente, cambiar los macarones de combustible, y si puedes, para asegurar el caudal entre paradas prolongadas, instala una válvula antirretorno. Vigila también que el filtro está correctamente cerrado y que no hay posibilidad de entrada de aire a través de él o de los racores de entrada y salida del mismo.
Y la más tonta pero que vuelve loco al más pintado, asegúrate de que el respirador del depósito no está obturado, recuerda, si el aire no puede entrar al depósito, el gas-oil no puede salir de él.
Estas para que te refresques, que aquí en Sevilla ya estamos a 40º.