[anlago]

Cafés para todos.

Los dos negativos deben estar unidos. Hasta ahí bien.
El problema es que tienes los dos positivos unidos en algún lugar.
Deberías seguir las líneas de positivo desde las baterías "aguas abajo" hasta encontrar donde están unidas.
Primero asegúrate que solo sale un cable + "gordo" de cada batería. Esos dos cables + deben ir antes de nada al desconectador. La única excepción es que tengas la bomba de achique conectada permanentemente a una de las baterías.
Después del desconectador sigues de nuevo los dos +. Comprueba que no están unidos en el terminal + del motor de arranque o del alternador. Es sólo cuestión de paciencia. Si tienes colores diferentes para los distintos cables te resultará más fácil.

Suerte, y si tienes alguna duda, pregunta, pregunta.