Hay muchos programas especificos para pasar sólo waypoints, tracks etc. sin necesidad de mapas. Yo los vengo usando en mi GPS12 muchos años. Cito algunos:
Waypoint+ simple y efectivo:
http://www.tapr.org/~kh2z/Waypoint/
Easy GPS:
http://www.easygps.com/
Gardown fue el pionero. Yo lo sigo usando aunque tiene sus pegas (es para MS-DOS).
http://vancouver-webpages.com/pub/peter/gardownb.zip
GarTrip:
http://www.gartrip.de/
G7toWIN:
http://www.gpsinformation.org/ronh/g7towin.htm
TrackMaker: se ha profesionalizado mucho.
http://www.gpstm.com/
Logicamente los de cartografía como Ozi, etc, tambien valen como han apuntado otros cofrades.
Saludos,