En mi modesta opinión, las placas monocristalinas dan más rendimiento que las policristalinas, alrededor de un 17% más. Es decir, para la misma superficie, las mono cristalinas proporcionan más energía, creo que esto es importante, ya que la superficie en un barco esta muy limitada.

Tal como te ha dicho goleen dreams, con un solo regulador es suficiente, y convendría un regulador lo mas eficiente posible, que trabaje en el punto de máxima potencia de los paneles, es decir, se ajusta en los valores donde el panel da lo máximo, los reguladores de carga de Morningstar, son bastante buenos, echa un vistazo a esta pagina, por ejemplo.
http://www.tritec-energy.com/es/reguladores-de-carga/c-122-morningstar-sunguard-y-sunkeeper/

También estoy de acuerdo, en que no hace falta desconectar esta instalación, cuando funciona el motor, y se pueden poner las dos en paralelo a la batería.

Que corra la espuma de unas birras bien fresquitas.

Saludos