A la última pregunta, no, la salida de consumo, no es necesaria conectarla. Esta salida esta limitada, por lo general a el mismo amperaje que la entrada de paneles, la ventaja es que corta cuando las baterías están bajas, impidiendo que se descarguen del todo, y se rearma automáticamente, cuando recuperan carga, lo que supone una ventaja, o un inconveniente, dependiendo de lo que necesitemos. Si quisiéramos pilotar cargas mas elevadas con este dispositivo, tendríamos que utilizar un relee, por ejemplo.

Si quieres cargar dos baterías con los dos paneles, y utilizas dos circuitos independientes, uno para cada batería, podría darse el caso, que una llegara a cargarse completamente, mientras que la otra, por lo que fuere, todavía necesitase mas carga, con lo que estas desaprovechando uno de los paneles.

Un dispositivo que gestiona la carga de dos baterías con un único grupo de paneles, podría ser el de esta dirección.

http://www.morningstarcorp.com/en/support/library/SSD.DAT.Spanish.ES.pdf

En cuanto a lo que dices, de que el panel puede elevar la tensión y desconectar el regulador de carga del alternador, no creo que se produzca, ya que si la batería no esta cargada completamente, hace que la tensión no llegue al voltaje de flotación, solo llegara al máximo voltaje cuando este completamente cargada.
Lo que si es cierto, es que al tener dos fuentes cargando una misma batería, es que la fuente que tenga mas potencial, o voltaje, es la que aportara mas corriente, claro que aportara la máxima que pueda dar. Y cortara la carga antes, la que cuyo regulador, este ajustado a menor tensión. En fin un pollo, que habría que estudiar con el sistema en funcionamiento, pero que, pienso yo, funcionaria aceptablemente.

Lo que no se debe hacer, es cargar dos baterías en paralelo, y para evitar esto, habría de poner, un separador a base de diodos, los cuales hacen perder algo de energía, y aunque montase diodos schottky que tienen poca caída de tensión, siempre se perdería algo.
También se podría utilizar algún dispositivo que fuese gestionando y conmutando las baterías, una a una, lo que seria mas complejo, y mas caro.

Lo que yo tendría claro, es que lo primero es tener la batería del motor a tope.

Échale un vistazo a esta pagina, donde puedes encontrar varios dispositivos para la gestión de las baterías, a ver si te inspiran la configuración que te interesa mas.

http://www.enervolt.net/pdf/pdfnaval/bater%EDas/bater%EDas%20enervolt%20para%20web.pdf

Perdona el ladrillazo, espero que sirva de algo, y que se entienda.

Tabernero, sea buena persona, y saque unas birritas de las que tiene reservada para el presi, bien fresquitas, para todo el personal, que ya empieza a apretar el Lorenzo.