Si las baterías están bien no debe pasar nada por ponerlas a cargar conjuntamente, incluso si son de diferente amperaje. Ahora, si están mal, aunque las cargues por separado, habrá una que demande energía de la otra tan pronto las pongas en paralelo, con lo cual no tendrás ninguna con una carga óptima.
Yo las vigilo por separado, selecciono una y mido la tensión de la toma de mechero. Selecciono la otra y vuelvo a medir. La medida siempre me da en torno a los 12,7 voltios. Cuando voy a motor siempre llevo seleccionada la de trabajo (70 A/H), con lo que se carga individualmente con el alternador, mientras que la otra no se ha usado (45 A/H). Cuando las cargo en pantalán lo hago seleccionando "ambas" y te puedo decir que tienen unos añitos y están perfectamente.
