En mi caso el alternador carga los dos grupos de baterias, las de servicio y la del motor, independinetemente de la posición del conmutador. El cargador solo lo tengo conectado a las de servicio, solo carga esas. La verdad es que nunca uso la del motor, siempre arranco con las de sevicio, por no bajar y cambiar el conmutador antes y despues de arrancar.
Quizas tu baterias de motor este un poco agotada y no coja carga bien.
Suerte!
