Si crees que son las bujías, cámbialas y ya está!!
Yo no entiendo mucho de motores (soy trapero!!!), pero por lo que dices parece un problema de admisión de combustible (y quizás de aire). Así que yo apuntaría a carburador sucio o mal reglado, agua en el combustible...
¿Has cambiado el filtro de combustible (¿Has vaciado el decantador de agua del primer filtro?) y el filtro de aire con la periodicidad que requiere el mantenimiento de tu motor?
