En mi modesta opinión, me atrevo a dar las siguientes respuestas:
A la pregunta 1). La principal ventaja de las boyas de fondeo es proteger el fondo marino. Las anclas "aran" el fondo marino y machacan el ecosistema. Por ejemplo, en la Columbrete Grande, la principal función de las boyas es ésta. Secundariamente, "ordenan" el fondeo. A partir de aquí cada uno puede pensar si es positivo o no y en qué medida. En zonas no totalmente abrigadas no puede pensarse en un fondeo permanente de ninguna manera.
A la pregunta 2). No tiene ningún sentido, desde el punto de vista de la explotación de un puerto comercial, deportivo, pesquero o de cualquier otro uso, dedicar espejo de agua protegido a fondeo. Eso no quiere decir que, durante algún tiempo, incluso años, puedan dedicarse provisionalmente a fondeo áreas protegidas. Eso es así porque los diques exteriores de abrigo hay que dimensionarlos y construirlos para las necesidades futuras con un horizonte de entre 30 y 50 años, porque luego son prácticamente imposible ampliarlos. Lo que sí se puede programar en el tiempo es la construcción de los muelles interiores en función de la demanda de uso para no hacer toda la inversión inicialmente. Eso puede dar lugar a encontrar en algunos puertos áreas protegidas que, de momento, no tienen un uso determinado y las auroridades portuarias pueden autorizar su uso como fondeadero en determinadas condiciones. Obviamente, si eso es así, no parece reprobable que la autoridad competente "cobre" cantidades razonables por utilizar el fondeo protegido. A nadie le amarga un dulce y, en definitiva, lo que no se paga no se administra y se está haciendo uso de forma particular de un bien público.

