Precioso vuestro perro de aguas, a lo que vamos, estos bichos son muy "olfativos", se me ocurre que podrías "darle permiso" para orinar en el barco poniendo un poco de olor en alguna parte de la bañera o donde entiendas que es más conveniente. Cuando el bicho haga pipí, mojas un pañuelo de papel en la orina y lo llevas al barco e impregnas el rincon elegido, cuando él inspeccione el barco encontrará la marca y su intuición perruna le dirá que "allí" se puede hacer pipí.
No se si la lógica y la intuición perruna funcionan como la mía, pero por probar no vas a perder mucho.
Saludos y buenas travesías con vuestro amigo de cuatro patas.
La mia, que es una perrita de aguas también, se llama Mora, espero poder iniciarla en la navegación algun día.