En primer lugar coincidir con ULISSES I en que la solución del típico generador pórtatil de gasolina que sacas a cubierta y conectas a la toma del barco de 220V es difícilmente soportable por nivel de ruido, ni para ti ni mucho menos para tus vecinos de fondeadero en una cala atestada.
Por otro lado, con un generador de 1000W justo llegarás (a máximo, de ruido también) para alimentar un cargador de 40A, calcula entonces las horas/día que necesitas tenerlo funcionando. Un generador de 1000W 4T pesa unos 14 Kg, si necesitas más potencia, uno de 2000W se va a unos 22 Kg que ya empiezan a ser unos cuantos para andar subiendo y bajando.
En mi opinión este tipo de generadores, siendo una solución de emergencia perfecta, difícilmente cubrirán tus necesidades para fondeos de varios días con una comodidad mínima, de no ser que limites mucho los consumos y te baste con el entorno de 1 hora de funcionamiento al día.
Por otro lado la instalación de un generador interno en un barco del tamaño del tuyo se hará muchas veces dificilmente asumible aunque sólo sea por espacio disponible.
Soy de la opinión que la solución en estos casos pasa por mejorar la eficiencia de carga con el alternador, instalando un regulador de carga externo y, seguramente, en orden a disminuir el tiempo de carga necesario, por la sustitución del alternador de origen por otro de mayor potencia.
PD. Siento discrepar con Liman en cuanto a la carga directa a 12V, el problema es la potencia final disponible, en un generador de 1000W a 220V sólo dispones de unos 8A en la salida de 12V (6A continuos), potencia <100W.