En eso sí tienes razón, pero supongo que de una forma u otra estará resuelto. Hay dos posibles políticas:
Sistema robusto. Como los autómatas programables o los sistemas empotrados. No fallan en la vida, de hecho, en el mundo industrial hay infinidad de procesos incluso peligrosos en manos de este tipo de sistemas.
Sistemas redundantes. Dos controladores en paralelo. Uno actúa normalmente y el otro está en guardia. Si el segundo detecta que el controlador en funciones deja de funcionar, toma el control.
En cualquier caso, está claro que el controlador de un sistema en bus no estará basado en Windows
Pensemos que cualquier dispositivo electrónico que tenemos en el barco es un computador (sonda, el gps, el AIS, el radar, el piloto automático,...) pero al ser computadores dedicados a una tarea concreta, cerrados, no fallan. La filosofía de un controlador de bus puede ser esa perfectamente. De hecho, las tareas que debe hacer un controlador de bus son muy simples.
Saludos