Mas o menos muchos creo que lo habeis dicho, pero intentando resumir un poco...
ARRANCANDO:
-Selector en 1 o en 2: Si quieres dedicar una bateria a servicios, pues la que escojas siempre como arranque (yo las alternaba, para machacarlas por igual).
-Selector en BOTH (ambas): Unicamente si las 2 baterias estan muy bajas de carga. Seria un arranque de emergencia. Si una esta baja y otra buena, usa la buena
NAVEGANDO CON MOTOR EN MARCHA:
-Selector en BOTH: Cargaras ambas, independientemente de que una este más descargada que la otra.
Como te han dicho
NUNCA SELECTOR A 0 CON MOTOR EN MARCHA
NAVEGANDO A VELA:
-Selector en 1 o en 2 para mantener los servicios que tengas a vela (luces, estereo, instrumentación, radio, nevera, piloto.....)
NUNCA EN BOTH PARA PRESERVAR LA OTRA BATERIA PARA ARRANQUE.
-Selector en 0: Si no tienes ningun servicio (GPS a pilas

)
La discusion de separadores, 3ª bateria, diodos, repartidores y demás viene después...