Por lo que tengo entendido, en el caso de que no tenga marcado CE, si hay otro barco igual ya matriculado en España y lo puedes demostrar, te ahorras el tema del proyecto.
En cuanto a los impuestos, el IVA y el ITP son excluyentes, es decir, si tiene el IVA pagado tendrás que pagar el ITP, y si no lo tiene, pagas IVA pero no ITP.
salud!!!