Ya lo veo más claro, en mi opinión puedes quitar ese cable (alternador-motor arranque).
Ese cable es el que se usa para cargar la batería en un motor normal, en el que se cargue directamente del alternador. Le mete los 14V del alternador a la batería a saco, desde que arrancas el motor hasta que lo apagas. Pero tú vas a poner un regulador que lo hace de manera óptima. Así que el regulador toma esa función. Puedes quitar el cable o, si es gordito, usarlo para conectar el regulador al alternador.
Si lo dejaras puesto, estarías metiendo 14V a la batería de manera continua y el regulador sería como si no estuviera. Supongo que el regulador simplemente no cargaría, no creo que se quemara.
En el arranque no tiene ninguna función, porque el alternador no hace nada hasta que está a un régimen mínimo. Es más, hay un cable que va de la batería al alternador, y que pasa por el testigo de batería del cuadro. Ese cable es el único que necesita el alternador antes de arrancar.
Suerte con el montaje
