Parece que el problema que comenta es el aumento de revoluciones del motor, cuando teniendolo desembragado (la única carga es la del alternador) , esta "desaparece" si las baterías llegan a tope.
Las revoluciones del motor las controla el regulador de la bomba de inyección. Este regulador (en bombas de inyección mecánicas) puede ser "todo régimen" o "mini-max". En el primer caso, la regulación ante los cambios de carga es muy suave (ni te enteras). En el segundo caso, una reducción de carga provoca un aumento de revoluciones, pero sólo hasta el régimen máximo de ralentí.
En ambos casos, el motor está protegido contra sobrerevoluciones por cambios de carga. Si tienes dudas del funcionamiento correcto de tu bomba de inyección debería revisartela un especialista ("bombero") y ya puestos, un tarado de inyectores.
