Hola Taita, te cuento mi experiencia en el mismo caso. Cuando fui a solicitar la LEB y el MMSI en la Capitanía Marítima de Valencia, allí mismo me dieron los formularios de solicitud y un impreso de pagos mod. 790 con la cantidad total que comentas de noventa y pico euros, acudí a la oficina del banco, lo pagué y con un solo impreso de pagos tuve para los dos trámites, ya que son para el mismo departamento de Capitanía.
Si no te lo admiten así, vete a otra Capitanía, te evitarás complicaciones.
Un saludo y una ronda
. teteluis