La corredera y el GPS dan dos velocidades diferentes.
La de la corredera -si está limpia- te da la velocidad del barco sobre el agua. La del GPS te da la velocidad sobre el fondo.
Imagínate (caso totalmente ficticio) que tuvieras una corriente en contra de 6 nudos (*) y que tu corredera indica 6 nudos también. Muy probablemente el GPS indicaría cero o muy próximo a cero.
(*) Según me han dicho, en el Bósforo, este caso podría ser real, si pretendieras ir desde el Mediterráneo al Mar Negro.