Hola valagujo!
Con este certificado suelen referirse a las titulaciones de Patrón de Yate y Capitán de yate. En realidad no se trata del certificado médico (debe haber algún error en la web).
Normalmente si vas a examinarte en la misma comunidad autónoma y por tanto en la misma administración no es necesario, pero si por ejemplo apruebas una asignatura de patrón de yate en Valencia y posteriormente te examinas en Madrid, deberás solicitar a la administración en Valencia el correspondiente certificado de la asignatura aprobada para que les conste en tu expediente también en Madrid.
Saludos!