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En contestación al cofrade Jangada:
>>Cualquier ciudadano de la Unión Europea debe matricular su embarcación en el estado donde reside habitualmente.

No es asi. En los siguientes paises de la UE,los residentes fiscales (el concepto de nacionalidad no cuenta) se puede ser proprietario de embarcaciones de recreo con bandera de otro pais de la UE, siempre y cuando estas cumplan con los requisitos de su bandera y que esten al día, con los impuestos que deben pagar en el país de residencia fiscal (los que esten en vigor en cada país, por ejemplo el IESDMT en España):

Francia, Italia, Inglaterra, Belgica, Alemania, Grecia. No he indagado mas por falta de tiempo. En Portugal, según me comenta un broker de Lisboa, ya es posible. En Inglaterra se da la paradoja contraria, si no eres ingles o residente en Inglaterra, no puedes tener un barco con la bandera de UK, salvo que utilices una empresa local como proprietaria.

>>Los impuestos especiales sobre determinados medios de transporte, estan armonizados con el resto de países de la UE, en virtud de ciertos reglamentos y directivas a tal efecto publicadas. Lamentablemente son fruto de un acuerdo supranacional y no vulneran el pricipio de libre circulación, como ya se ha pronunciado el propio TJUE.

Eso es indiscutible, cada estado de la UE es soberano en relación con estos impuestos (IESDMT en España, droit du passeport o francisation en Francia, etc....). Pero no existe ninguna armonización sobre estos impuestos, en algunos paises pagas una sola vez como en España, en otros pagas cada año o cada 5 años (como en Francia o Belgica), y en otros no pagas nada mas que el IVA que te toca.

Lo que indicaba en mi post, es que convendría adaptar la legislación actual para evitar graves discriminaciones, sin que el estado renuncie a recaudar los impuestos directos o indirectos que considere apropiados.
Algo como modificar la "Disposición adicional primera" referrida por el cofrade Fletxa de manera que una embarcacion ya matriculada en la UE no este obligada a cambiar de bandera (pagando claro esta los impuestos que le toque como cualquier residente fiscal). No se trata de buscar escapatorias regulatorias, sino de no discrimar.

En algunas capitanias (creo que en Baleares) parece ser que aplican ya este principio, pero el problema es que al no estar regulado, se estaría un un limbo legal, dependiendo del humor del funcionario que te pueda controlar (SVA, GC, Capitania).

En contestación al cofrade Mariatxi:
Podrias navegar libremente siempre y cuando su hermana este a bordo y figure como patrón.
Sino tienes 30 dias, desde que utilizas la embarcación por primera vez en aguas españolas, para pagar el IESDMT y abanderarla en España.