Yo tengo un separador de esos y del alternador el cable hay que conectarle a la entrada y luego suele venir dos salidas marcadas con 1 y 2 colocas un cable a cada bateria. Normalmente carga mas en una bateria que en otra (principal y de servicio) viene así pero eso te vendra en las especificaciones técnicas.
Lo que creo que necesites es un selector para poner la bateria que quieras que trabaje (no para carga sino para descarga) , tipo a este de la foto. Cargar carga automaticamente a las 2 baterias este el selector donde esté.
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Saludos