[Jangada]

Txakoli, a vuelapluma. Presumo que el socio mayoritario a pagado una deuda de la sociedad dedicada al chárter, porque esta sociedad no podía hacerlo. Ahora el socio, quiere recuperar el pago realizado con bienes de la sociedad.
Si el planteamiento es correcto:
1.- El pago se puede considerar pago por el tercero conforme el artículo 1158 del código civil
2.- Al pagar el socio se subroga en el derecho del acreedor y puede aceptar la dación en pago de la deuda que ostenta contra la sociedad. Nos hallamos ante la interpretación a "sensu contrario" del artículo 1166 de C. Civil y a la aplicación del 1175 del mismo cuerpo legal.
3.-Es conveniente, realizar una junta extraordinaria, de todos los socios para que mediante acta, debidamente inscrita en el libro social, se apruebe la operación. Si se perfecciona mediante escritura pública mejor, pero más caro.
4.- Sería importante tener una tasación del barco porque si el barco vale más que la deuda hay una ganacia patrimonial para el acreedor y si vale menos hay una pérdida (quita) Ambas cuestiones tienen relevancia para el IRPF.
5.- Sobre el IVA, depende, claro está, de las comunidades, pero en todo caso, la empresa puede hacerte una factura con el iva incluido, teniendo ella que liquidar a hacienda el iva repercutido. (en su día soportaría el IVA al adquirir el barco.
6.- la operación mediante liquidación de ITP, aunque la he visto, me parece dudosa. tendría que estudiarlo a fondo. En principio un empresa´rio debe emitir factura y liquidar IVA

Sobre este esquema, uno puede hacer las elocubraciones que quiera, pero claro, la respuesta es a tenor de los datos conocidos...
Espero haberte ayudado, algo.

mientras, un chupito de patxaran