A mi me parece que mas que hongos lo que tiene tu depósito son algas.. Algas gigantes que son lo que obstruyen el tubo de aspiración y dejan sin alimentación momentaneamente el motor. Si el alga gordota consigue pasar hasta el filtro, pues nada, sigue funcionando sin problemas, pero si no puede, entonces es cuando se para.
Quita el filtro o prefiltro, y de ser eso, verás las algas gelatinosas y grandes ahi...
Suerte
