¿Domiciliar la embarcación?

Eso es nuevo. Nunca había oído que una "cosa" tuviera domicilio....

El pago se hace en la Comunidad Autónoma (o Ciudad Autónoma) donde el sujeto pasivo (el comprador) tiene su residencia habitual, independientemente de donde haya sido la compra-venta, en donde esté matriculada la embarcación o en donde resida el vendedor.

Y si reside en el extranjero, se paga a la Administración Central (Madrid).

Saludos