Por lógica, si la sociedad pagó ITP en vez de IVA al no ser de aplicación por comprarlo a un particular, entiendo lo que estás diciendo ... pero si el motivo por el que te adeudan dinero es una operación sujeta a IVA, tal vez deban de repercutirte IVA pues, de otro modo, tú tendrías que soportar el pago del IVA correspondiente al dinero que se te adeuda y no tendrías modo de compensarlo ... no sé si me explico.
salud!!!