He releido el post, ahora esta mas claro.
No parece tan complicado como lo planteas y casi casi lo tienes
1 frifo de fondo
2 bonba de agua
3 "caja de termostato" es normal el paso en este caso y sentido sin tocar el termo, no le hace falta, y supongo que estara cerrado e independiente el hueco de entrada con el que sale del bloque/culata.
4 entrada en el bloque.
Hasta aqui parece que esta correcto.
5 circulacion del agua para refrigerar
6 salida del agua pasando otra vez por la "caja del termostato", ahora si es necesario que paser por el termo, ya que es cuando el agua sale caliente del motror
y deber tener la lectura de su temperatura de trabajo.
7 entrada en el colector
8 salida del colector y desde la caja azul que se en la foto de nuevo al mar pero mas calentita.
Ahora pregunto yo.
¿has desmontado el manguito que entra en el bloque? y ¿la salida del colector?
Seguramente ahi esta el atasco
, en la entrada del bloque.