Puedo navegar en España???

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Hola a todos, corran unas rondas a mi cuenta.
He estado leyendo y no veo respuesta a una duda que me surge:
Os cuento mi situación; yo compré un barco nuevo en España, pagué el IVA, por supuesto. Como en Extremadura no tenemos mar (todavía, jeje), y a mi pareja le gusta Portugal y además es la costa que tenemos más cercana, decidimos buscar un puerto ahí, lo encontramos y me informé para matricularlo con bandera portuguesa. Todo son ventajas, ya que hay cercanía a mi casa, me gusta el sitio y además sumando todos los impuestos a pagar (abanderamiento, tasas, gestortía, etc), no llegó a 300 euros (un 34 pies con 29CV).
En resumen, compro un barco en España, pagos impuestos de compra y lo matriculo en Portugal.
Ahora bien, si yo me quisiera ir a un puerto español de forma permanente, entraría en la nueva legislación que parece que se está aplicando a barcos con bandera extranjera??
PD. Olvidé comentaros que yo tuve que sacarme un NIE en Portugal