Sale humo de las baterías...

[Gavioto]

Por lo que dices entiendo que el barco tiene un parque de 4 baterias en paralelo (consumos generales) y otro independiente de 2 baterias en paralelo para el arranque, y que el "humo" salía solo de una batería del parque de 4.
Lo mejor es que desmontes la batería que olía a chamusquina y la lleves a una tienda de recambios de automóviles, allí le meten un aparatito y te la verifican en el acto.
Las baterías actuales son cada vez mas buenas, pero cuando "enferman" se van muy deprisa y sin avisar, os recomiendo que mireis que no se haya salido electrolito (agua+ácido) por el rebosadero de sobrepresión de las batería, un tubito de plastico que sale del costado de la parte alta, si es así enjuagar muchas veces con agua clara porque de lo contrario va a oler y apestar toda la vida.
Lo de arrancar con la toma de puerto conectada podría ser malo para el cargador en caso de que fuera malillo, (no estuviera protegido contra descargas) y las baterías estuvieran bajas de voltaje porque en ese caso el tirón de amperaje se lo lleva la fuente de mayor voltaje (el cargador). Os recomiendo la lectura del manual del cargador, ahí lo deberá poner claramente. Y ante la duda... lo mas barato facil y preventivo es desconectar siempre antes de arrancar.
Te recomiendo que sueltes todos los bornes del grupo de 4 y verifiques los voltajes independientemente en cada batería (de 12,00 a 14,40 voltios) ... todas deben medir exactamente lo mismo, y si la que olía chungo tiene inferior voltaje... desmontala y a revisar a la tienda.
Suerte !!