Yo te puedo contar mi experiencia reciente: en verano compré un pequeño motovelero matriculado en Suiza (es decir, fuera de la CE, al menos a los efectos que nos ocupan) en el año 1977. Inicié los trámites para abanderar en Bélgica y, aunque fueron todo amabilidad, me confirmaron que no podían expedirme el pabellón sin someter el barco a un proceso de certificación/homologación CE cuyo importe prefiero no decirte.
La alternativa holandesa sí dio por buenos mis papeles suizos y desde hace una semana el nuevo pabellón ondea orgulloso en el estay de popa.
En cualquier caso insisto en que mi barco era "extracomunitario" a efectos de burocracia. Con la ley en la mano, y salvo que haya cambiado como dices, si el barco es anterior a 1998 (?) y se puso en circulación en la CEE, no deberías tener problema en Bélgica.
Suerte,
Pere