El problema de las deudas es que los intereses crecen y crecen si no se pagan. Pero por otra parte, si uno las paga y se queda sin liquidez para los gastos corrientes, de algún sitio habrá que sacar los dineros -normalmente pidiendo otro préstamo-, porque hay que comer, eso no admite discusión.
Sería cuestión de ver si tu actividad te permite mantener un cash-flow positivo suficiente y con un colchón razonable aún después de pagar deudas. Yo mismo soy autónomo y ahora estoy poniendo una SL (temas informáticos por si le interesa a alguien

) y ya sé por experiencia que es difícil saber lo que vas a facturar no ya el año que viene, sino el mes que viene, pero es lo que hay. Pero bueno, vamos tirando.
Evidentemente, no se puede (legalmente) aconsejar a alguien que trabaje "en negro", pero para muchas actividades es la única opción, porque si no no serían rentables. Y además, los bancos suelen incluir entre sus cláusulas leoninas la de que el tomador responde del préstamo con todos sus bienes presentes y futuros; así que en cuanto se enteren de que tienes algo, lo embargan.
Pero desde luego, creo que a largo plazo la mejor opción es tenerlo todo en orden. No sólo por dormir más tranquilo sin temor a que te llegue una cartita de la AEAT o la SS, sino porque así tienes más opciones de "anunciarte" y conseguir más clientes. No sé exactamente cual sería tu actividad, pero si tiene más mercado, pues hay que ir a por él. La cuestión es como hacer la transición de una forma ordenada.
En cualquier caso, mucho ánimo, los tiempos no son fáciles, pero siempre se acaba saliendo adelante.