Para mí, el RD no deja lugar a interpretaciones:
https://www.boe.es/buscar/act.php?id...-2014-10344#a6
Artículo 6.2
La licencia de navegación y los títulos de patrón para navegación básica y patrón de embarcaciones de recreo se podrán obtener de forma directa. Sin embargo para la obtención de los títulos de patrón de yate y capitán de yate será necesario estar en posesión del título inmediatamente inferior.
Dice "el título", lo que significa que hay que tenerlo entero y expedido. Y si alguna administración permite ir a PY sin PER, pues eso que te ahorras en tasas, pero no lo estarían haciendo bien.
¡Ánimo con el estudio!