Electrónica Cargador Victron Energy, tres salidas, dos baterías

[Eien]

"Newton" ese cargador tiene 3 modos de carga, y suponiendo que tus baterías sean AGM, debería estar en el modo "Normal".
Además, asegúrate que el modo "Reacondicionamiento", esté desconectado.
Si tiene Bluetooth, desde la App de Victron se puede configurar, además de ver todos los parámetros de carga.

Otra cuestión es que si repones la batería averiada, la pondrás en paralelo con una que ya está usada y tendrá sus años, y esa no es la mejor combinación.

También espero que el cableado del paralelo de las dos baterías (si lo están) esté correctamente hecho, saliendo cada polaridad de una batería diferente.