Aunque por aqui hay grandes expertos en el tema eléctrico, me atrevo a decir algunas cosas:
Es evidente que necesitas un separador de carga (Vetus, Mastervolt o similar) de tres salidas porque mientras que estas en puerto con el cargador (de tres salidas) puedes alimentar la batería del motor, el grupo de servicio (las dos con una salida) y el nuevo grupo a instalar, cuando no estas conectado a la red, tanto si el que proporciona carga es el alternador como si lo hace la placa, o los dos al tiempo, no tienes porque estar conectando y desconectando las diferentes entradas de carga.
Un separador cumple la función de mantener separados los tres grupos que vas a tener, y evita que la carga de unos vaya hacia los otros.
En cuanto al control, si quieres controlar todo (yo eliminaría el control de la batería de motor y solo le dejaría un voltímetro para saber como anda) necesitarás dos controladores Nasa o similares porque como memorizan la carga que adquieren y la que se gasta, no se puede andar conectando a un grupo y a otro.
Por lo demás, yo pondría selectores (no dices si tienes alguno) para poder consumir en arranque o en servicio del grupo que elijas, y/o poderlos interconectar en caso de que lo desees.
Otro tema diferente es que el cargador que tienes (no dices cual es) no creo que tenga salidas con voltajes diferentes segun los tipos de baterias en cada grupo, y eso puede ser un ligero inconveniente porque las de gel necesitan un nivel de carga diferente a las de ácido, Pero bueno, tampoco es algo crítico.
Tengo algo similar a lo que piensas salvo que el grupo de servicio tiene tres baterías, y el tercer grupo lo dedico en exclusiva a la hélice proa y al molinete.
Buena instalación


